​Articol susținut de MedLife

Dumitru Jardan, biolog, despre evoluția genomului SARS-CoV-2: Noi credem că virusul vrea să ne omoare. Nu, el vrea să se înmulțească și se va adapta. Nu îl interesează să cauzeze o boala gravă, ci să se răspândească cât mai tare

de A.T.     HotNews.ro
Vineri, 27 noiembrie 2020, 11:31 Facem Romania bine


Dumitru Jardan
Foto: Hotnews
​Genetica virusurilor are un rol foarte important în pandemie. Atunci când se identifică un nou virus, primul pas constă în secvențierea genomului pentru a obține mai multe informații despre originea lui și modul de răspândire. Dumitru Jardan, biolog și doctor în științe medicale, a secvențiat genomul virusului SARS-CoV-2 care circulă pe teritoriul României pentru a descoperi cum s-a transmis virusul în România și ce mutații a suferit și a prezentat informații despre evoluția genomului virusului la Conferința Anuală MedLife.

Organizarea genomului SARS-CoV-2

Genomul este reprezentat de o moleculă de ARN monocatenara, catena pozitivă. Practic de cand intra în celulă el poate fi translatat.
Genomul are lungimea de aproximativ 30000 de nucleotide
Genomul codifica mai multe proteine - structurale și non structurale
Funcția proteinelor structurale și a proteinelor codificate de ORF1ab este mai bine înțeleasă ca funcția celorlalte proteine

GISAID a analizat datele de la 208 mii de genoame secvențiate din toate țările lumii și a încercat sa facă o filogenie moleculară, pentru a vedea de unde a pornit evoluția virusului din ianuarie 2020 până în octombrie 2020 și au fost descoperite mii de mutații, probabil sunt în jur de 10.000 în momentul acesta.

Cele mai importante sunt subgrupurile, adică G, GR și GH, care sunt practic variantele de virus care se întâlnesc în Europa și implicit în România.

Deși pare ca au fost descoperite multe mutații și pare ca sunt multe variante de virusuri, de fapt, în fiecare virus separat noi nu găsim atât de multe mutații, de obicei găsim între 5 și 10 mutații, dar fiind foarte multe variante de virusuri, mutațiile sunt diferite între diferite virusuri. Virusul are o diversitate genetică foarte mare și acest lucru înseamnă, din păcate, că el este capabil să se adapteze foarte bine.

Ce am găsit la pacienții din România

Am analizat doua seturi de date, 53 de genoame în perioada martie aprilie 2020, probe din Bucuresti și din țară, majoritatea din București și 122 de genoame din perioada octombrie, noiembrie 2020, probe din București si din țară, majoritatea din București

Rezultatele secvențierii probelor din România

Grupurile filogenetice identificate:

- Toate cele 53 de genoame din martie aprilie fac parte din grupurile G, GR si GH, cu excepția a 4 probe care sunt din grupul V,

- Toate cele 122 de genoame din octombrie noiembrie sunt din grupurile G, GR si GH.

Număr de mutații:

- În grupul de 53 am găsit în total 460 de mutații unice,

- În grupul de 122 am găsit 563 de mutații unice,

- Doar 7 au frecvență mai mare de 20% în grupul de 53 și 15 din grupul de 122, restul fiind rare,

- Majoritatea mutațiilor sunt de tranziție C>T,

- Deletiile și inserțiile sunt foarte rare,

- Frecvența mutațiilor per probă fiind de în jur 10 pentru grupul de 53 și în jur de 14 pentru grupul de 122.

Mutatiile în gena S

În grupul de 53 a fost găsită mutația N439K cu frecvența de 5,6%.

În grupul de 122, mutatia N439K are o frecventa de 39,3%.

Aceasta mutație a fost descrisă cu o capacitate mai mare de legare de ACE2 (pentru receptorii de intrare în celulă) și foarte probabil îi dă avantaj evolutiv și capacitate mai mică de legare a anticorpilor neutralizanți.

La sfârșitul lunii octombrie a fost descrisă o nouă variantă de virus 20AEU1, care a apărut în Spania la începutul verii și s-a răspândit rapid în Spania, Franța, Elveția, Marea Britanie și Irlanda, care are un avantaj competitiv față de virusurile preexistente.

Aceasta variantă de virus este caracterizată de mutatiile C22227T, C289327, G29645T.

Mutatia C22227T induce A222V la nivelul proteinei S.

În grupul de 53 nu se găsește această mutație, în schimb în grupul de 122 această mutație are frecvența de 10.6 Deci, probabil a ajuns și la noi această mutație.

Limitările studiului

- Număr relativ mic de probe, nu permite generalizarea, datele putând fi discutate strict în contextul prezentat.

- Majoritatea probelor fiind din București nu permit concluzii referitoare la situația din țară.

- Metoda de secvențiere utilizată nu permite identificarea recombinarilor cu alte virusuri.

Din punct de vedere al evoluției virusului, el sa ve adapta, nu îl interesează să cauzeze o boala gravă, ci să se răspândească cât mai tare. Noi credem că virusul acesta vrea să ne omoare. Nu, el vrea să se înmulțească și pentru că vrea să se înmulțească se va adapta în așa fel încât să se răspândească cât mai tare și cât mai repede.

Evoluția virusului s-ar putea sa fie foarte complicată mai ales ca sunt sunt milioane de oameni infectati. Deși este virus ARN, el nu adună mutații atât de repede cum ne așteptam de la un virus ARN, pentru că are o enzima de proof reading și atunci când se replică face corectia replicării și nu adună mutații, cum face virusul HIV, de exemplu.

Aceste rezultate vin în completarea concluziilor publicate în luna iunie:

1. Virusul SARS-CoV-2 care circulă pe teritoriul României provine cu certitudine din Wuhan. Virusul din România are identitate de secvență de 99,97% cu virusul original identificat în China, în medie fiind identificate 9 mutații per genom, numărul maxim fiind de 13.

2. Cel mai probabil, răspândirea virusului SARS-CoV-2 în România s-a făcut local, prin transmitere intracomunitară la nivelul regiunilor țării și mai puțin prin importul direct din afara țării.

----

Articolul face parte din campania MedLife Facem România bine.

De 26 de ani suntem alături de tine și nu ne oprim. Pentru că azi, mai mult decât oricând medicina înseamnă să te lupți prin știință și cunoaștere.

De la începuturile civilizației, frica este primul lucru care te izbește într-o pandemie. Iar ca să o diminuăm, în an pandemic, am dezvoltat divizia de cercetare și am început să facem cercetare medicală în România, pentru a oferi o viziune mai clară asupra situației actuale și a evoluției bolii.

Ne adaptăm continuu la prezent și ne pregătim pentru viitor. Facem România bine.








Citeste doar ceea ce merita. Urmareste-ne si pe Facebook si Instagram.

















32068 vizualizari

  • +16 (28 voturi)    
    Ce am inteles pana acum . (Vineri, 27 noiembrie 2020, 12:01)

    gamma [utilizator]

    Deci fata de original am avut mutatia D614G care a fost atat de eficienta incat a inlocuit originalul aproape complet apoi aceasta se pare ca este imbunatatita cu N439K .In paralel a aparut 20AEU1 care se pare ca este si mai competitiva .Mutatiile actioneaza in directia raspandirii cat mai eficiente nu a cresterii mortalitatii . O gazda moarta nu raspandeste nimic , un asimptomatic fara masca e in schimb un vehicul ideal .
  • +32 (36 voturi)    
    Se poate face o analogie cu politicienii? (Vineri, 27 noiembrie 2020, 12:08)

    Mihail. [utilizator]

    Pentru ca nici ei nu vor sa ne omoare, avand ocazional nevoie de noi, ci doar vor sa se imbogateasca cat mai tare.
  • -4 (16 voturi)    
    covidu s-a prins repede cum e mersu' (Vineri, 27 noiembrie 2020, 12:36)

    Ismail Paine de circ [utilizator]

    ... face si el ce stie mai bine.
  • -8 (30 voturi)    
    De ce romania nu e in stare sa produca vaccin? (Vineri, 27 noiembrie 2020, 12:37)

    Gryphus [utilizator]

    imi cer scuze la domnii doctori pt intrebare
  • +3 (19 voturi)    
    si cand am spus ... (Vineri, 27 noiembrie 2020, 15:04)

    GNG [utilizator]

    ... sa nu va grabiti sa luati versiunea Covid 19, uite, acum a aparut versiunea 2020, mai perfomarmat, mai upgradat. Doamne fereste, sa nu apara performatul 2021 in vacanta de iarna...
  • +2 (24 voturi)    
    Planeta Pământ (Vineri, 27 noiembrie 2020, 19:25)

    unins [utilizator]

    este dominata de microbi, care depăşesc numeric pe toate celelalte ființe la un loc. Dacă ar dori, oricând microbii ar putea distruge toate fiintele de pe Pământ. Mii de miliarde de microbi trăiesc în corpul nostru, fiecare dintre noi purtand aproape 2 kilograme de microbi, care trăiesc și lucrează pentru corpul uman. Fără aceste ființe microscopice, omul ar muri. Oare nu ar fi mai înțelept sa încercam sa convietuim în simbioza cu toate fiintele de pe planeta, decât sa încercam sa le distrugem?
  • +1 (9 voturi)    
    din pacate, (Sâmbătă, 28 noiembrie 2020, 10:29)

    revo [utilizator]

    pana sa gaseasca mutatia care ii va permite sa foloseasca gazda fara sa o omoare in cateva zile sau s-o betegeasca iremediabil, vad ca face ravagii.
    E foarte nasol ce spune despre HIV, greu sa-l mai starpesti daca se tot schimba.

    Fascinanta lume! "Enzima proof reading"...
    Extraordinara slujba asta de detectiv genetician!
    Oare de cate incercari a fost nevoie sa aparem noi, oamenii?
  • +4 (8 voturi)    
    asa deci, nu putem nici cu ei nici fara ei... (Sâmbătă, 28 noiembrie 2020, 11:20)

    richter [utilizator]

    ei, virusii ; in viiitor, spitalele vor fi ca statiile de alimentare combustibili (curent, hidrogen) poate chiar acolo- pana se incaraca rezervorul/akumulatorul ati faci o scanare genetica si o filtrare (sau schimbi filtru) contra cost, afli ce virusuri noi ai- daca ai- ce mai e nou pe piata in materie de virusi,abgradezi softul la detector/analizator si pleci mai departe daca va mai fi unde sa mergem,si,eventual cine, daca nu pierdem razboiul cu noi si intre noi.......
  • +5 (5 voturi)    
    Adică și la virus este selecție naturală (Duminică, 29 noiembrie 2020, 9:07)

    nick24 [utilizator]

    Cel care omoară, dispare în mormânt, cel care e mai ușor, te lasă sa duci boala pe picioare și se răspândește peste tot.
  • 0 (2 voturi)    
    doua chestii nu inteleg (Luni, 30 noiembrie 2020, 11:10)

    Itsoc [utilizator]

    1. e prima oara in viata cand aud de asimptomatic care e vector de transmisie (dr. Fauci in US, inainte sa-si schimbe "declaratiile" spunea ca asa ceva nu exista in virologie). In sensul ca nu sunt studii stiintifice care sa arate chestia asta.
    Cred ca ar fi oarecum simplu de facut, iei 10 oameni testati pozitiv dar 100% asimptomatici si ii inchizi intr-o camera sau un restaurant cu alti 10 oameni care au fost testati negativ. dupa o saptamana le faci teste si vezi cati s-au infectat.

    2. daca virusul muteaza si in plus, daca virusul NU a fost izolat in laborator pana la momentul asta, atunci cum se poate sa avem deja 4 vaccinuri (mRNA) pentru el? cat de eficiente sunt vaccinurile? mai ales cat de eficiente sunt in stoparea contagiozitatii? pentru ca aud acum ca si cu vaccin, tot vom purta masti, tot ne vom "distanta". iarasi, o noutate in istoria bolilor virale.

    totul pentru un virus cu mortalitate 0,05% si o predispozitie care a omora batrani cu varsta de 82 de ani.
  • 0 (2 voturi)    
    @Itsoc (Luni, 30 noiembrie 2020, 14:05)

    unins [utilizator]

    Dacă majoritatea oamenilor ar pune întrebările de la pct. 2, pandemia s-ar termina imediat. Eu cred ca întrebările sunt treptele care te ridica din platitudine. Iar acum majoritatea oamenilor se complac în discuții banale, irelevante, intenționat dirijate astfel prin tehnica de manipulare numita „red herring” sau „ignoratio elenchi”. Răspunsurile la întrebările tale va conduce automat la o concluzie extrem de nedorita de leaders of the world, care au alte targets. Money spins the world!
  • -1 (3 voturi)    
    @itsoc+unins si mai ales pt restul (Luni, 30 noiembrie 2020, 15:57)

    gamma [utilizator]

    Daca premisa e gresita grav si culeasa de pe FB atunci concluziile sunt in balarii de asemenea , exact ca in cazul pamantului plat in care o luna de cateva sute de km alearga soarele in cerc pe sine transparente . A izola un virus inseamna a afla codul lui genetic si asta a fost facuta inca din ianuarie in China , ai codul , poti face vaccin .Cat despre punctul 1 e vorba ca poti sa ai virusul si sa nu suferi prea tare . De obicei lipsa simptomelor este asociata cu o incarcatura virala slaba , cu sanse minime de retransmitere dar in cazul actual unic cov e atat de virulent incat chiar o cantitate mica transmisa de la un om la altul e suficienta pentru transmiterea bolii . Atipic dar nu e pamant plat .
  • -1 (3 voturi)    
    Doar @gamma: (Luni, 30 noiembrie 2020, 20:02)

    unins [utilizator]

    În secolul III î.e.n., în China și India se practica o vaccinare rudimentara.

    1796 - Medicul englez Edward Jenner inoculează un băiat de opt ani cu variolă bovină, apoi încearcă să-l infecteze cu variolă, descoperind că este imun.

    La sfârșitul sec 19, Pasteur creaza primele vaccinuri.

    Un virus este un agent patogen inframicrobian, invizibil la microscopul optic. Virusii sunt atât de mici, încât sunt vizibili doar cu microscopul electronic.

    Primul microscop electronic a fost construit în 1931 de către inginerii germani Ernst Ruska și Max Knoll.

    Structura ADN-ului a fost decodificată la începutul anilor 1950. Americanul James D. Watson și britanicul Francis Crick. Gena este o unitate moleculară, o porțiunie din ADN sau ARN.

    Acum, poate ne explici cum au fost create vaccinurile antivirale înainte de a exista microscopul electronic, înainte de a se studia virusurile și codul genetic, dacă tu sustii ca „ai codul , poti face vaccin”?
    Cum e cu „premisa e gresita”?
    Văd ca folosești din plin analogia ilogică, needling, eroarea factuală, etc.
  • -1 (1 vot)    
    @unins Prin noroc (Luni, 30 noiembrie 2020, 22:22)

    gamma [utilizator]

    Au avut noroc ca variola bovina nu era letala pt om si era suficient de asemanatoare cu cea umana cat sa genereze raspuns imun . Asa ceva e complet diferit de Cov care e nou si unde problema cea mare este daca e suficient de stabil incat vaccinul (produs cu proceduri moderne ce au nevoie de intelegerea detaliata a codului genetic ) sa fie relevant in timp . In rest bla bla .
    Cum ramane cu "nu a fost izolat" ? Ce inseamna pe FB termenul asta ?


Abonare la comentarii cu RSS

Top 10 articole cele mai ...



Hotnews
Agenţii de ştiri

Siteul Hotnews.ro foloseste cookie-uri. Cookie-urile ne ajută să imbunatatim serviciile noastre. Mai multe detalii, aici.



powered by
developed by